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2021年12月28日，重庆市铁路（集团）有限公司（下称市铁路集团）按照国铁集团和重庆市政府交办的改革任务，克服历史包袱重、股权关系复杂等困难，在市发展改革委、市财政局和重庆交通开投集团的大力支持下，牵头完成了南涪铁路有限责任公司（下称南涪铁路公司）、重庆万南铁路有限责任公司和国铁成都局集团三万支线铁路资产整合工作，实现了南涪铁路公司地方控股的历史使命，由此拉开了我市地方铁路自主运营的序幕。
市铁路集团控股后的南涪铁路公司，管辖涪陵至三江铁路（简称涪三铁路，含南涪铁路、三南铁路）、万南铁路和三万支线铁路等四条线路，线路总里程229公里，现有运营里程159公里，按照“地方控股、自主经营、路地合作、发展共赢”的经营原则，通过加强路地资源整合及优势互补，努力探索地方主导下的合资铁路可持续发展的新模式，进一步发挥铁路运输能力，积极促进铁水联运、调整地区产业布局，开发沿线资源，完善地区交通体系，改善涪陵、武隆、南川、万盛、綦江等区投资环境，加强渝东南地区和黔北地区经济交流互动。
按照市政府和国铁集团利用既有铁路资源开行公交化列车工作安排，我市主城都市区东南环线公交化列车通过南涪铁路公司辖内的涪三铁路（133公里、3个客站）实现，届时南涪铁路公司将在已开通货运功能服务地区经济发展基础上，承担更大的责任满足人民群众出行和通勤需求。
近年来，作为我市市域铁路建设、运营的主要专业公司，市铁路集团立足于服务成渝地区双城经济圈，助推我市大都市区立体交通建设，通过自建、合作等模式，已陆续开工建设了江跳线、璧铜线、渝合线一期等市域铁路和15号、27号城轨快线，形成市域（郊）铁路与城轨快线互联互通的主城都市区快速轨道交通网。本次将南涪铁路公司纳入后，将积极争取中心城区至南川铁路、涪柳铁路等重大项目开工，服务国家长江经济带和西部陆海新通道等国家战略。
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涪三铁路。是川黔和渝怀两条铁路干线的重要联络线，也是主城都市区东南环线铁路的重要组成，由南（川）涪（陵）铁路和三（江）万（盛）南（川）扩能铁路组成，按国铁Ⅱ级建设，单线，设计速度120公里/小时，以货运为主，并兼顾沿线客运。其中，南涪铁路全长78.6公里（正线77公里），总投资36亿元，于2008年开工，2012年建成投运。线路起自南川，向北经武隆止于涪陵区境内渝怀铁路涪陵西站。三南扩能铁路也称三南新线铁路，全长70公里（正线56公里），总投资39亿元，起于綦江三江镇，经万盛至南川，与南涪铁路南川站接轨，项目于2010年开工，2016年建成投运。
主城都市区东南环线铁路。由渝怀线、涪三线和川黔线组成，线路从重庆北站出发，经渝怀铁路抵达涪陵站，往南折向经南涪铁路抵南川，再向西经三南铁路至万盛，到达川黔铁路三江站，而后沿着川黔铁路北上，经珞璜站、重庆西站，终至重庆北站，形成我市大都市区东南环线铁路，串联两江新区、江北区、长寿区、涪陵区、南川区、万盛经开区、綦江区、江津区、沙坪坝区等多个主城都市区。
万南铁路：万(盛)南(川)地方铁路1986年6月动工，1991年10月建成投入运营。在万盛站与重庆铁路分局三万铁路接轨。工业企业Ⅱ级铁路，总长44.29公里，其中正线34.61公里，站线9.68公里。由地方集资和铁道部、能源部投资9407万元修建。设置万盛北站、丛林站、苏家湾站、南川站。修建等级低，有30‰连续12公里的陡长大坡道，内燃牵引，时速仅为30公里。设计运量近期400万吨，中期800万吨。
三万支线铁路：三（江）万（盛）支线铁路，西起重庆市綦江区三江镇三江站（接川黔线），止于万盛经济开发区万盛站（接万南线），线路全长36公里，正线长32公里，设车站5个。三万支线铁路始建于上世纪40年代初，原为綦江铁路的一段，专为大渡口钢厂和九龙电厂运送矿石及煤炭而修建，新中国成立后修建川黔铁路时，原綦江铁路只保留了三江至万盛段，同时改名为三万支线铁路，以货运为主。